농업생명과학분야의 연구를 총괄 지원하고, 효율적인 관리체계를 갖추어 대학의 연구역량을 극대화시키며, 아울러 농업 및 생명산업관련 산업체, 연구소 및 정부기관과의 산학연 협동연구활동을 확대/심화시키고, 국제공동연구 및협력사업을 체계적으로 추진하며, 우리나라 농업생명과학 발전에 선도적 역할을 할 목적으로 농업과학기술연구소는 1972년 발족하여 농과대학 부속 농업과학기술연구소로 개칭되었으며, 1988년에 법정연구소로 정식인가를 받았다. 그 후 1997년 농촌열에너지연구소와 통합하여 현재의 구조를 갖춘 연구소로 발전하게 되었다. 특히, 몇 번에 걸친 구조개편과 연구원들의 노력으로 충북지역의 농산물 생산과 유통, 직목체계 등 여러 분야의 연구 활동으로 농가소득에 지대한 공헌을 해오고 있다.

농업과학기술연구소는 연구원 65명, 특별연구원 8명, 보조연구원 2명, 조교 1명 등 우수한 연구 인력을 확보하고 있으며, 유전공학, 생명공학 등 첨단농업기술 전 분야에 걸쳐 고루 활동을 하고 있다.

앞으로 WTO, FTA 등 국제경쟁력 측면에서 새로운 풍종개발, 작부체계 개발, 농산물의 부가가치 향상을 위한 기능성 식품개발, 환경친화적인 농업개발, 보다 효과적인 유통구조의 개선 등 여러 분야에서 지속적인 농업구조기반의 조성과 농업의 기초생산기술, 농업환경과 동식물의 보호, 농산물의 가공 유통, 생산기반조성과 기계화, 기타 농업과 농촌의 발전에 관련된 이론 및 응용연구 그리고 국제교류의 확대를 통하여 농업발전과 대학교육 발전에 이바지하기 위하여 노력하고 있다. 따라서 농업과학기술연구소는 우리나라 농업과학기술의 발전을 위한 농학의 기초와 생산기술 및 농촌개발을 위한 응용과학의 연구에 중점을 두고, 각 연구부의 효율적인 연구 활동을 지원함은 물론 학습활동 지원, 산학협력활동 등의 중요 사업을 추진한다. 또한 연구소는 지방대 육성방안의 일환으로 BT를 중심으로 한 지방거점연구소로서의 기능을 할 수 있도록 시설 및 인원을 확충하고 있다. 특히, 전임연구원의 충원, 연구시설의 확충, 연구보조원의 증원, 다양한 연구인프라의 구축 등 연구전반에 걸쳐 소요되는 각 분야의 인원, 장비, 실험기자재의 완비를 통하여 모든 연구원이 보다 안락하고 쾌적한 분위기속에서 연구에 전념할 수 있도록 제반 문제를 해결하가고 있다.